知皇甫郦劝说李傕时言辞过切，担心他为李傕所害，于是让他离开长安。十一日辛巳，刘协令左中郎将李固持节拜李傕为大司马，位在三公之上。

六月，李傕大将杨奉与侍中杨琦、黄门侍郎丁冲、锺繇、尚书左丞鲁充、尚书郎韩斌、军吏杨帛共同谋诛李傕，恰逢李傕因其他事杀死杨帛，杨奉便率兵投向郭汜。

同月，镇东将军张济从陕县来到长安劝和，刘协思念旧京雒阳，遣使向李傕请求东归，前后十次方得允许。李傕、郭汜答应和解，许诺以各自的爱子做人质，李傕的妻子喜爱儿子李式，不愿以他为质。议和未定，羌胡兵马又前来帮助李傕，刘协深以为患，让侍中刘艾对宣义将军贾诩说：“您之前奉职尽忠，因此一直受陛下荣宠。如今羌胡为患，您应该为国家想想应对的方案。”贾诩邀请羌胡大帅前来饮食，并许诺加以封赏，羌胡满意而离开。李傕势力衰弱，只得答应和解，于是李傕、郭汜各将女儿作为人质，并封为君、食邑。

七月，刘协出长安东归，车驾到达宣平门，即将渡桥。郭汜的士兵拦住桥问：“车上是天子吗？”

车驾不得向前，李傕的士兵皆拿戟护在乘舆左右，侍中刘艾大呼：“车上正是天子！”

让侍中杨琦高举车帷。刘协对士兵说：“你们不退后，怎么还敢逼近至尊？”

郭汜士兵方才撤退。车驾成功过桥，士民皆称万岁。夜间，车驾到达霸陵，张济带着饮食供给百官，李傕引兵出屯池阳。刘协以张济为骠骑将军，封平阳侯，假节、开府如三公；郭汜为车骑将军，杨定为后将军，封列侯；杨奉为兴义将军，董承为安集将军，又追封乳母吕贵为平氏君。张济回到陕县，郭汜等人则跟随刘协东归。

郭汜建议让刘协前往高陵县，百官则认为应该前往弘农，大会商议不决。刘协让尚书郭溥去请郭汜同意，郭汜不从，刘协感慨道：“祖宗陵墓都在雒阳，灵怀皇后的陵墓修好后，我未曾去看过一次。我梦想东归，夜以继日，而郭汜还想把我带到西边去吗？”说罢，终日不肯吃饭。郭汜便提出：“可以先到附近的一个县城里。”

八月初六甲辰，车驾到达新丰。张济指使尚书徵召在河西担任太守的刘玄入朝，想让自己的亲信代替。刘协说：“刘玄在郡多年，若有功绩，则当升迁；若无功绩，则当责罚，为何无故徵召他呢？”

尚书于是向刘协谢罪。刘协将此事归罪于尚书，又下诏：“张济有拔车驾之功，何故不上表而请求私事呢？切勿问罪。”

张济闻知，免冠赤足前来赔罪。后将军杨定请求让侍中尹忠担任自己府中的长史，刘协说道：“侍中是天子近臣，如果担任不合适的职位，必会被关东笑话。之前在长安，是因为李傕专政。如今朕秉持万机，岂可再次胡乱封官赐爵呢？”刘协时年十五岁，每事出于胸怀，皆如此类。

十月初一戊戌，郭汜与党羽夏育、高硕一同作乱，并指使其将领伍习趁夜烧毁学舍以威逼乘舆。当时火起不止，侍中刘艾建议到一个军营里躲避火灾，杨定、董承便带兵将刘协转移到杨奉营。夏育等人想阻挡乘舆，杨奉与杨定率军迎战，击败叛军，斩首五千级，郭汜败逃南山。

初五壬寅，车驾到达华阴，宁辑将军段煨携带物资迎驾，请求刘协进入他的营寨。段煨与杨定有过结，迎乘舆时不敢下马，只在马上作揖。侍中种辑和杨定关系好，便声称段煨谋反。刘协问：“段煨前来迎驾，为何说他谋反呢？”

种辑回答：“段煨迎驾不到边界，拜礼不下马，脸色有变，必有异心！”

太尉杨彪、司徒赵温、侍中刘艾、尚书梁绍等人说：“段煨没有反意，臣等敢以性命担保！车驾可进入他的营中。”

董承与杨定又诬陷：“郭汜来到段煨军营了。”

刘协问：“你们怎么知道的？”

左灵和文祯抢答：“是弘农郡的督邮得知的！”

故而胁迫督邮说：“今天郭汜率七百骑兵进入了段煨营帐。”刘协这才相信，下令车队停在路边休息。

初十丁未，杨定、杨奉、董承即将进攻段煨营寨，让种辑和左灵请求下诏，刘协说：“王者攻伐，应该上参天意、下合民心。司寇行刑时，君王尚且应该为此废食撤乐，而你们却要朕为此下诏吗？”

种辑力请到夜半，刘协依旧不许，杨奉等人便擅自攻打段煨营寨，连续十多天无法攻克，而段煨依旧侍奉百官，终无二心。司隶校尉荣邵认为当以返回雒阳为重，不宜继续攻打段煨，杨定记恨，便让杨奉向刘协请求荣邵担任自己副手，想趁机杀死他