愿赦免他们，于是上奏裴茂擅自放出囚徒，请求收捕裴茂。刘协说：“灾异频繁出现，使者奉命宣布恩泽，赦免轻罪之人，是顺合天意，切勿问罪。”

七月，刘协想发太府丝织给宫人制作衣服，李傕不愿，说：“宫中有衣服，何必要再做？”尚书郎吴硕素来奉承李傕，便附和道：“关东还没平定，国家费用不足，陛下宠爱之人穿的衣服，已经远凌驾于群僚了。”尚书梁绍上书请治吴硕之罪，刘协以他受李傕宠爱而不许。

兴平元年（194年）正月十六日，刘协举行加冠礼。二月五日，刘协追谥母亲王荣为灵怀皇后。七日，将王荣改葬在文昭陵。

三月，马腾与种邵、刘范、杜禀共同攻打李傕，刘协派人劝解，马腾等人执意不从。李傕令郭汜、樊稠、李利出兵，在长平观击破马腾军，斩杀种邵等人。

战后，李傕令郭汜、樊稠开府，与三公合为六府，参与选举官吏。李傕等人各选用自己所举之人，稍有违反就会生怒。主者深以为患，只得按顺序选用他们所举之人，先从李傕起，郭汜次之，樊稠次之。而三公举荐之人，始终没有起用的机会。

六月初一丙子，分凉州河西诸郡为雍州。这一年三辅地区大旱，谷价腾贵，谷一斛五十万，豆麦一斛二十万，长安城中甚至发生了人吃人的事件。刘协下诏令主者卖掉厩马一百多匹（一说两百多匹），御府大司农出两万匹杂缯，将杂缯与卖马得来的钱一同赐给公卿、贫民，李傕说：“我邸阁里的物资少。”于是强行把这些东西带到自己营中。

刘协又命令侍御史侯汶出太仓米豆煮粥救济百姓，但因为粮食不够仍然有很多人饿死。刘协怀疑侯汶没有如实用全部粮食赈济灾民，而是趁机侵占公粮，于是派侍中刘艾取米、豆各五升在自己面前熬成粥，最后可以煮出两盆，证实是侯汶作弊，于是责打侯汶五十廷杖。之后，长安城中饥民得到了救济。

兴平二年（195年）二月，李傕杀樊稠，与郭汜在长安城中各自拥兵相攻。三月，安西将军杨定与郭汜合谋劫持刘协，事情泄露，李傕便先派李暹率兵包围皇宫，用三乘车迎接天子，刘协乘坐一车，贵人伏寿乘坐一车，贾诩、左灵乘坐一车，其余人步行跟随。当时司徒赵温、司空张喜听闻此事，都离开府第跟随刘协。乘舆离开后，李傕的士兵进入殿内钞掠宫人、御物。同日，刘协到达李傕营中，李傕又放火焚烧宫殿、官府、民居。

刘协派太尉杨彪、司空张喜、尚书王隆、光禄勋邓渊、卫尉士孙瑞、太仆韩融、廷尉宣璠、大鸿胪荣邵、大司农朱儁、将作大匠梁邵、屯骑校尉姜宣等十几人前往郭汜营中劝和，郭汜却把他们全部扣留。

四月，刘协以贵人伏寿为皇后，并拜其父伏完为执金吾。李傕手下中郎将张苞、张龙与郭汜合谋诛杀李傕。郭汜趁夜出兵，令军队弓弩齐发，箭矢贯穿了李傕的左耳，又射到了刘协的楼帷帘中。后来李傕手下大将杨奉前来救援，郭汜军才退走。同日，李傕把刘协带到北坞，只有伏皇后、宋贵人等人跟随刘协。李傕设反关校尉监察刘协，隔绝内外。当时盛夏酷暑，宫人、侍臣之前不得携带谷米跟随刘协，入门又有禁防，不能外出购买。侍臣忍饥受渴，刘协请求李傕给五斛粳米、五具牛骨，以赐宫人、侍臣。李傕说：“朝晡之时已经上过饭了，还要米做什么？”于是只送来几具放了很久的牛肉牛骨，都已经臭到不能吃了。刘协大怒，想要责备李傕，因侍中杨琦劝谏而止。

五月，李傕想把刘协迁移到黄白城。当时司徒赵温因受到李傕猜忌而被关在坞中，他得知此事后，写信责备李傕，李傕大怒，要斩杀赵温，被从弟李应劝止。刘协听闻赵温责备李傕，对侍中常洽说：“李傕不明善恶，赵温言语过激，实在令人担忧。”常洽回答：“李应已经化解此事了。”刘协方才安心。

李傕觐见时，身上带着三把刀，手上还拿着鞭子。刘协身边的侍中、侍郎见到李傕携带武器觐见，都感到担心，也持着刀剑，先护卫在刘协身边。李傕面对刘协，要么说“明陛下”，要么说“明帝”，经常向刘协说郭汜的坏话，刘协也只顺从其意，李傕大喜，出去后说道：“明陛下真是贤主啊。”李傕虽然喜欢讨好刘协，但仍然不想让侍臣携带武器站在刘协身边，便对人说道：“这帮人都握着刀，是欲图谋害我吗？”侍中李祯与李傕同州，两人关系友好，李祯就对李傕说：“侍臣之所以持刀，是因为现在身在军中，不得不持，此是国家故事。”李傕这才打消了怀疑。

闰五月，刘协令谒者仆射皇甫郦去劝和李傕、郭汜。郭汜接受诏命，而李傕不从。刘协得