杨奉、韩暹等人的护送下回到雒阳，居住在已故的中常侍赵忠家中，又令张杨修建宫殿，张杨以自己护驾有功，于是将殿命名为“杨安殿”。八月八日，刘协进入南宫杨安殿，张杨回到野王，杨奉也出屯梁县。十日，刘协拜张杨为大司马，韩暹为大将军、领司隶校尉，杨奉为车骑将军。当时宫室烧尽，百官生活艰苦，依在墙壁之间。州郡各拥强兵，无人愿意前来。群臣饥困，尚书郎以下亲自外出采稆，有的饿死在墙壁间，有的被吏兵杀害。而韩暹等人仗着护驾之功，肆意妄为，干乱朝政，董承深以为患，密召兖州牧曹操亲自带兵去雒阳。

同月十八日，曹操入雒阳进贡，给公卿以下分发粮食，并趁机上奏韩暹、张杨之罪，韩暹畏罪投奔杨奉。刘协以两人有护驾之功，下诏不得问罪，又命曹操领司隶校尉，录尚书事。同日，朝廷诛杀侯祈、冯硕、台崇三人，以讨有罪之臣；封董承、伏完、丁冲、种辑、锺繇、郭溥、董芬、刘艾、韩斌、杨众、罗邵、伏德、赵蕤十三人为列侯，以赏有功之臣；追赠沮儁为弘农太守，以表彰死节之臣。

当时雒阳残破，刘协在曹操的建议下，迁都到豫州颍川郡的许县（今河南许昌）。车驾东进，杨奉、韩暹率军追击，却在阳城山峡被曹操伏击大败。九月，刘协到达许县，居住曹操营中，设司营宗庙社稷。自迁都长安开始，朝廷混乱，直到此时王制节度才确立起来。刘协以曹操为大将军，封武平侯，不久后，又拜曹操为司空，行车骑将军事。

自李傕郭汜相争、车驾东归后，长安城空四十余日，强者离去，弱者相食，两三年间，关中地区再也没有行人的足迹。

建安三年（198年），刘协遣谒者仆射裴茂率段煨等人征关中，斩杀李傕，并夷灭其三族。李傕的首级被送到许县，刘协下诏将它高挂示众。

当时中原地区袁绍和曹操两大军阀正进行着频繁的政治和军事斗争。孙策占据了江东，刘表占据了荆州，刘璋割据益州，韩遂、马腾占有凉州，公孙度盘踞辽东。刘协东还，无疑是一面可利用的旗帜。曹操抢先率军进驻洛阳，取得了“挟天子以令诸侯”的地位。

迁都许县后，刘协是一个没有实权的皇帝，只能“守位”，汉廷百官也只是“备员而已”。议郎赵彦曾为刘协陈述时局对策，曹操听说后将赵彦杀死。其后曹操觐见刘协，刘协愤怒地说：“君若能相辅，则厚；不尔，幸垂恩相舍！”

按照汉朝制度，曹操这种“三公”带兵觐见皇帝是有虎贲持刀挟行的，所以曹操听到刘协这番可能含有杀机的话之后大惊失色，请求马上离开，离开后顾视左右，汗流浃背，此后不再觐见刘协。

建安四年（199年），刘协不满曹操大权独揽，不甘心作为傀儡，乃暗下衣带诏，令董贵人的父亲车骑将军董承连结天下义士设法诛杀曹操。董承遂与左将军刘备、长水校尉种辑、议郎吴硕、偏将军王子服等一起密谋。尚未行动，刘备因袁术北上而出征。

建安五年（200年）正月，衣带诏事情败露，董承等人都被曹操诛杀，董贵人也即将被处死，当时董贵人怀孕，刘协多次向曹操请求，仍不能保住贵人性命。伏皇后畏惧曹操，于是写信给她的父亲伏完，尽数曹操残暴不仁之事，希望伏完能够效仿董承，铲除权臣，但伏完始终未敢行动。

建安十三年（208年），汉朝废三公官，重新设置丞相、御史大夫，刘协令太常徐璆持节，拜曹操为丞相。

建安十七年（212年）九月，刘协封其子刘熙为济阴王，刘懿为山阳王，刘邈为济北王，刘敦为东海王。

建安十八年（213年）三月，汉朝恢复九州制，将天下十四州并为九州。省去司隶、并州、幽州、凉州、交州，于是天下为兖、豫、青、徐、荆、扬、冀、益、雍九州。五月，曹操使刘协封自己为魏公，以冀州十郡为魏国，并加九锡。

七月，曹操将女儿曹宪、曹节、曹华嫁给刘协，朝廷令大司农王邑带着束帛玄纁五万匹出使邺城，其中年幼的暂时留在魏国，等到长大了再入宫。第二年，三人皆被封为贵人。

建安十九年（214年），伏皇后要求其父伏完诛杀曹操的密谋败露，曹操要挟刘协废黜伏皇后，并代刘协写好了废黜伏皇后的诏书。接着，派御史大夫郗虑拿着诏书，同尚书令华歆一起带兵包围皇宫搜捕皇后。伏皇后藏到宫中的夹墙里，被华歆拖出。

伏皇后披头散发赤脚走出，向刘协哭诉求救，刘协无奈地说：“朕也不知道自己的生命什么时候结束！”

回过头来对郗虑说：“郗公！天下有这