不肯承认。这时候，保密局特勤室主任毛惕园向毛人凤建议，使用劝诱方式。于是，7月14日，毛人凤向郭廷亮诈称，说孙立人遭到诬告，如果他主动承认是“匪谍”，可立即消除孙立人的嫌疑。郭因此写下“自白书”，承认自己是“匪谍”。办案人员拿着“自白书”，又以此威胁台南“兵谏案”涉案人员，成功地拿到几十份“自白书”。

在“匪谍”案和“兵谏”案发生之后，一时山雨欲来，谣言满天飞。很多人都劝孙立人远走高飞，离开台湾这个是非之地。可孙立人不以为动。或许他认为自己问心无愧，经得起考验。事实证明，这位身经百战的老将太傻天天真了。8月3日，“总统府”第一局长黄伯度拿着几十份“自白书”来到孙立人官邸。在黄的胁迫之下，孙立人被迫写下“辞职书”，辞去总统府参军长职位。

8月21日，蒋介石下令免除孙立人“参军长”职务，并成立由副总统陈诚为主任委员，王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维等为委员的“九人调查委员会”，调查“兵谏”案。两个月后，“调查委员会”做出结论，指责孙的部下郭廷亮“为中共工作”，利用孙的关系在军中联络军官，准备发动“兵谏”，孙未及时“举报”，亦未“采适当防范之措施”，“应负责任”。

蒋介石最后以“纵容部属武装叛国、窝藏匪谍密谋犯上”的罪名，将孙立人送往台中软禁。

其实，在“九人调查委员会”启动调查的同时，监察院也由国民党籍监委陶百川、无党籍监委曹启华、萧一山、王枕华、余俊贤等“五人小组”自行对“兵谏”案发动调查。与“九人调查委员会”的结果迥异，监察院认为郭廷亮等人没有兴兵作乱的情节，“匪谍”一说纯属国民党内部的派系之争。孙立人对此完全不应该承担责任。不幸的是，这份结果只是在监察院内部会议秘密报告，后被封存，不再公布。

孙立人被软禁在台中市向上路，过着与世隔绝的日子。在外人看来，那就是从1955年8月开始，这位蒋介石身边的“大好人”，突然人间蒸发了。凡是与孙立人有关的东西，都被有意铲除。孙立人送郑成功纪念馆的对联被摘，台北圆山太原五百完人纪念碑上孙立人的题字也被剜去。新一军的战史不能出版，虽然这是国民党抗战中获取的少数几个胜利，因为与孙立人有关……

孙立人为官清廉正派，一生没有留下什么积蓄。有人说“官久必富”，孙立人听了不以为然地说：“为官哪有工夫去发财咧，只有官久必穷。”在软禁的日子里失去了经济来源，为了补贴家用，孙立人用少有的积蓄买了一块山地，种点花草、果树，由夫人骑三轮车送到街上卖。后来，又买了一群鸡，以卖鸡蛋度日。四个子女的学费，也便是来自种花卖花、养鸡卖鸡蛋……